Il y a effectivement des théories de ce type.
Notamment une qui explique l'invention du cyclope dans l'Antiquité par la découverte d'ossements d'éléphants nains ; ces animaux étaient jadis présents sur la plupart des îles de la Méditerranée et bien qu'étant des exemples typiques de nanisme insulaire, c'étaient quand même des beaux bestiaux (entre 1 m et 1 m 50 au garrot pour un poids de 200 kg). Les crânes des éléphants présentent des petits yeux peu visibles et un énorme « trou » au beau milieu correspondant au passage de la trompe, qui a pu être interprété par les anciens Grecs comme étant l'orbite de l’œil unique du cyclope.
Le souci de ce genre de théories, bien entendu, c'est qu'elles sont très difficiles à démontrer. On peut tout aussi bien estimer que le cyclope est un pur archétype, qui émerge spontanément et sans influence extérieure dans le folklore des humains (le fait qu'il existe sous d'autres formes
dans le folklore asiatique irait plutôt dans ce sens).