L'animal a été officiellement déclaré espèce en danger en 1979, et sa chasse interdite en 1983. Malgré cela, sa population chutait de 300 à 200 individus estimés entre 1986 et 1990, et à 13 en 1997 (un communiqué estimant un nombre possible de 50 animaux non recensés).

En 1998, une expédition scientifique menée sur le fleuve Chang Jiang était la dernière à apercevoir 7 représentants de l'espèce. Une dernière observation aurait été effectuée il y a deux ans, selon une lettre publiée dans le journal Royal Society Biology Letters, la publication de la société royale de biologie britannique, mais ce rapport est sujet à caution et ne concernait qu'un seul individu déchiqueté par une hélice de bateau. Depuis, deux nouvelles recherches, dont une expédition internationale de six semaines comprenant des scientifiques chinois, japonais et américains en mai et juin 2007, ont échoué et Lipotes vexillifer a été déclaré éteint, probablement victime de la pollution explosive du fleuve, de la pêche et du trafic fluvial.

Alors que Wang Ding, de l'Académie des Sciences chinoise, qui a dirigé l'expédition de 2006, se refuse encore à admettre l'extinction de l'animal, les zoologistes du monde entier ne se font plus d'illusions et considèrent que même s'il en existe encore, ce qui serait hautement improbable, leur nombre insuffisant n'en permettrait plus la survie, même en captivité.

Le dauphin de Chine est le premier grand mammifère à disparaître depuis 50 ans.

C'est un dauphin d'une espèce qui n'est pas éteinte.